La AEM ocupa uno de los mas bellos edificios de "Melilla la Vieja": la Sala de Armas de los almacenes de San Juan, esta es una de las edificaciones que bajo el reinado de Carlos III, como indica el escudo y placa de su fachada principal, que se construyeron tangencial al lienzo de muralla del Frente de Mar del primer recinto, junto al emplazamiento de la batería y el torreón de San Juan.

Muestra planta en ele formando un ángulo obtuso, cuyo lado menor corresponde a su anchura ocupada por dos arcos que descansan sobre muro desarrollando bóvedas de cañón en sentido norte sur de distinta longitud, unidas en su muro medianero por una puerta de arco de medio punto, la mas larga dispone de cuatro ventanas rectangulares apaisadas abocinándose hacia el interior y terminando en arco apuntado, repitiéndose todas estas disposiciones en la planta inferior, quedando todo cubierto por doble tejado a dos aguas. La remodelación del edificio es fruto del arquitecto malagueño Bernardo Rodríguez Davo realizada en septiembre de 1978.